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上海交通大学云南（大理）研究院成立于2014年4月24日，是经云南省人民政府同意，并经大理州机构编制委员会批准的大理州人民政府直属事业单位。研究院整体委托上海交通大学运营，是聚焦技术研发、技术转移、人才培训、产业化管理、项目（含创办企业）引进等的综合研究开发机构；采取研究院（含国家大学技术转移中心）、大学科技园、产业化基地为一体的“三合一”运行模式；下设多个专项技术研发中心，包括：民族医药发展研究中心、高原湖泊污染控制研究中心、高原农业研究中心、新能源汽车研究中心、民族文化研究中心、上海交通大学国家技术转移中心大理分中心、网络安全及信息化研究中心（昆明）以及新材料研究中心（昆明）。